วิธีการแก้ปัญหาของ Six Sigma มีพื้นฐานอยู่บนการประมวลผลข้อมูล ซึ่งสอดคล้องกันดีกับมาตรฐานของ Lean Manufacturing รวมถึงการปรับเปลี่ยนทางโครงสร้างของโรงงานผลิต ในขณะที่ Lean Manufacturing เองก็จะเป็นพื้นฐานในการแก้ปัญหาของ Six Sigma เพราะว่าทั้งระบบนั้นจะถูกวัดด้วยค่าของความแปรปรวนใดๆ รวมถึงการปรับปรุงต่างๆ เทียบกับมาตรฐานที่ควรจะเป็น แต่สิ่งที่ยากที่สุดสำหรับ Six Sigma ก็คือ วิธีการปฏิบัติ และการคงอยู่อย่างยั่งยืน ถึงแม้จะมีผู้เชี่ยวชาญด้านเทคนิคของ Six Sigma รับผิดชอบดูแลการแก้ปัญหาในกระบวนการผลิตนั้นๆ อยู่ก็ตามที ตัวอย่างเช่น มีพนักงานคนหนึ่งรับผิดชอบในการทำ Six Sigma ซึ่งเธอก็ทำได้เป็นอย่างดีมาโดยตลอด แต่มีอยู่วันหนึ่ง เมื่อเธอจำเป็นต้องเปลี่ยนหน้าที่ไปรับผิดชอบในปัญหาใหม่ แล้วสุญญากาศในระบบคุณภาพก็ได้เกิดขึ้น ความแปรปรวนในกระบวนการผลิตได้เกิดขึ้นหลายต่อหลายครั้ง ปัญหาทางด้านคุณภาพก็เกิดซ้ำแล้วซ้ำอีก ดังตัวอย่างในภาพ ซึ่งแสดงถึงลักษณะของปัญหาที่เกิดขึ้นจากความผันแปรของชิ้นงาน และจากความผันแปรของกระบวนการ เช่น ผลผลิตตกต่ำ ผลผลิตเสียหาย ต้องทำการผลิตใหม่ วัตถุดิบมีคุณภาพที่แตกต่างกันอันมาจากหลายๆ ผู้จัดส่ง เป็นต้น ดังนั้น Lean Manufacturing จึงเป็นเกราะป้องกันชั้นดีให้แก่นักปฏิบัติการ Six Sigma ให้ปราศจากต้นเหตุของปัญหาต่างๆ นานาที่มักจะพบเห็นกันได้โดยทั่วไป

Lean Manufacturing จะเน้นไปในด้านการจัดการและการบริหารองค์การ โดยเริ่มจากการจัดผังองค์การ การจัดคนเข้าทำงานตามตำแหน่งงาน และการทำงานร่วมกันให้เกิดประสิทธิภาพ Lean manufacturing จะเน้นในการผลิตโดยมองที่ผลผลิตโดยรวม แต่จะไม่เจาะไปในแต่ละส่วนของการผลิต ภายใต้แนวคิดที่ว่า การกำหนดมาตรฐานในการทำงานและการสื่อสารในองค์การถือเป็นสิ่งจำเป็น จึงเน้นการกำหนดการทำงานและขั้นตอนการทำงานเป็นพิเศษ เพื่อลดช่องว่างในการสื่อสารภายในองค์การ ทำให้เห็นผลอย่างชัดเจนในการลดเวลาการผลิต ภาพแสดง แผนภาพของเดเนคกี้ (Denecke’s) จะแสดงถึงการแก้ไขความผันแปรในการผลิตของ Lean Manufacturing ซึ่งจะแตกต่างจากระบบของ Six Sigma ตัวอย่างเช่น Lean Manufacturing จะเน้นไปที่การทำให้การผลิตเร็วขึ้น และคุณภาพในการผลิต รวมไปถึงการจัดการเกี่ยวกับเครื่องจักรความสะอาดของสถานที่ทำงาน เราสามารถพูดได้โดยรวมว่า Lean Manufacturing จะช่วยในเรื่องของความเร็วในการผลิตและข้อมูลป้อนกลับจากการผลิต

การประยุกต์ใช้ Lean Manufacturing และ Six Sigma ร่วมกัน ถือได้ว่าเป็นอาวุธอันสำคัญขององค์การ ในการต่อสู้กับความผันแปรในการผลิต วิธีการของ Six Sigma จะเป็นเทคนิคในการแก้ปัญหา อันเกิดจากการดำเนินงานและลดความผันแปรในกระบวนการ ในขณะที่ Lean Manufacturing จะสร้างมาตรฐานในการทำงาน ดังนั้นการนำมาใช้งานร่วมกัน จึงก่อให้เกิดผลในการลดความผันแปร ลดเวลาและของเสียจากกระบวนการผลิตได้เป็นอย่างมาก

ตามที่กล่าวมาแล้วข้างต้น Six Sigma และ Lean Manufacturing จะเป็นตัวระบุหรือ กำหนดหน้าที่ในการทำงานที่แตกต่างกัน การนำเทคนิค Six Sigma มาใช้งานอย่างเหมาะสมในองค์การ จะประกอบไปด้วยมาตรวัดต่างๆ เช่น รอบเวลา (Cycle Time) ซึ่งจะไปสัมพันธ์กับ Lean Manufacturing นอกจากนี้แล้ว ยังจะช่วยลดของเสีย หรือสินค้าที่บกพร่องในกระบวนงานขององค์การ ซึ่งเป็นหัวใจสำคัญในอันดับต้นๆ ที่จะส่งผลถึงความสำเร็จของโครงการ Lean Manufacturing ต่อไป